Los ríos que conforman el territorio POEDA cuentan con unas condiciones de habitabilidad que les confieren unas características idóneas para que en sus aguas habiten especies emblemáticas.
La trucha común (Salmo trutta) es posiblemente la especie piscícola más representativa del territorio POEDA así como de toda la provincia. Ocupa principalmente las zonas altas de los ríos donde las condiciones de caudal, temperatura del agua y pureza hacen que sea el lugar idóneo para su asentamiento.
El territorio POEDA cuenta con varios kilómetros de ríos declarados de "aguas trucheras": el Esla aguas arriba de Valencia de Don Juan, el río Órbigo en toda su extensión dentro del territorio, o los arroyos Huerga y Valdearcos, entre otros de menor entidad.
Otras especies presentes en los cauces de los ríos de POEDA son el barbo (Barbus bocagei), la boga (Pseudochondrostoma polypelis), el escallo (Squalius carolitertii) o la tenca (Tinca tinca) como especies más representativas. Se debe de hacer mención a especies invasoras e introducidas como el lucio (Esox lucius) y la gambusia (Gambusia holbrooki) que rompen el equilibrio ecológico.
También existen crustáceos como el cangrejo de río autóctono (Austropotamobius pallipes), muy diezmado debido a la afanomicosis, transmitida por un parásito de una especie introducida, el cangrejo rojo americano (Procambarus clarkii), que además compite con el autóctono, así como el cangrejo señal (Pacifastacus leniusculus), también introducido.
Otras especies asociadas al hábitat fluvial que marcan la calidad de estos ecosistemas es la nutria (Lutra lutra) cada vez más frecuente en las riberas.